Hp誘導(dǎo)胃黏膜炎癥和癌變的發(fā)生，與其產(chǎn)生的致病因子密切相關(guān)。VacA和CagA基因是Hp最重要的兩個致病基因。根據(jù)VacA和CagA基因存在與否，Hp菌株能夠被粗分為I型和II型兩大類，其中I型菌株能夠產(chǎn)生VacA和CagA蛋白，具有更強的致病性。同時VacA和CagA基因具有明顯的遺傳多態(tài)性，不同的基因型與其臨床感染的嚴(yán)重性也明顯相關(guān)。VacA編碼的VacA蛋白可誘導(dǎo)上皮細(xì)胞的空泡變性導(dǎo)致細(xì)胞壞死、炎癥，長期反復(fù)可致基因突變。根據(jù)VacA蛋白信號肽s區(qū)和p55結(jié)構(gòu)域的m區(qū)序列特性，HP可以分為s1、s2和m1、m2亞型。不同亞型的HP菌株產(chǎn)生的VacA及其活性和毒力也不同。研究發(fā)現(xiàn)，s1/m1型Hp產(chǎn)生VacA毒素水平最高，毒力最強，其次為s1/m2型菌株，而s2/m1和s2/m2型菌株只能產(chǎn)生低水平或無毒性的VacA，因而毒力較弱。
CagA基因編碼的CagA蛋白通過Hp的CagPAI的IV分泌系統(tǒng)進入人的胃上皮細(xì)胞，經(jīng)過磷酸化后與 SHP-2結(jié)合形成復(fù)合物，抑制SHP-2活性，從而誘導(dǎo)胃上皮細(xì)胞的異常遷移和增值，因此CagA被認(rèn)為是加速萎縮性胃炎發(fā)展和癌變的重要因子?；贑agA與SHP-2結(jié)合的C-端氨基酸序列（EPIYA）基序存在情況，可以分為不同的EPIYA型。此外，CagA基因序列存在明顯的地理差異，可以分為西方株和東亞株型。研究發(fā)現(xiàn)：東亞株型Hp的CagA具有更強的SHP-2結(jié)合和轉(zhuǎn)化活性，因此具有更高的毒力。
幽門螺桿菌的耐藥與其基因的關(guān)系
Hp根除治療一般采用聯(lián)合用藥，即質(zhì)子泵抑制劑加鉍劑，聯(lián)合1 種或2 種抗生素。但隨著抗生素的廣泛應(yīng)用，Hp對常用抗生素的耐藥率呈現(xiàn)逐年上升趨勢。在全世界范圍內(nèi)，亞洲和非洲國家的耐藥情況最為嚴(yán)重。國際上亞州和非州的Hp對常用抗生素的耐藥率較高。有調(diào)查顯示，我國Hp耐藥情況總體很高，對甲硝唑耐藥達(dá)40-65%，克拉霉素耐藥達(dá)20-50%，但在不同地區(qū)差異很大。近年來Hp對抗生素的耐藥率逐年增加，進一步說明對Hp耐藥需要更加重視。各種藥物的作用機制及靶基因各不相同，因而對不同抗生素的耐藥基因也要分別檢測。
| 抗生素 | Hp耐藥機制 |
| 硝基咪唑類抗生素 | 主要耐藥機制為rdxA?基因突變，此外frxA?基因出現(xiàn)突變失活（rdxA?正常）也可造成耐藥 |
| 大環(huán)內(nèi)酯類抗生素 | 耐藥機制主要為23S rRNA?基因突變，突變部位（A-G）大部分發(fā)生在2144?位點，小部分發(fā)生在2 143?位點 |
| β–內(nèi)酰胺類抗生素 | PBPs?基因突變與耐藥密切相關(guān) |
| 利福霉素類藥物 | 素耐藥與rpoB基因突變密切相關(guān) |
| 四環(huán)素類藥物 | 耐藥主要16S rRNA?序列中的突變有關(guān) |
| 喹諾酮類藥物 | 耐藥機制主要由細(xì)菌解旋轉(zhuǎn)酶gyrA基因突變引起 |
